cygwin

自分のユーザディレクトリへのジャンクションをc:\cygwin\home\ 以下に作っておくと、自分のファイルがまとめられてよい。ジャンクションはcygwinからはシンボリックリンクとみなされるので運用上問題はない。さらに複数ユーザ環境でcygwinを使う際には、他人のディレクトリを見れなくしたりできたりでよいかも。
ジャンクションを作るには「リンク作成シェル拡張」などを使う。オーバーレイアイコンもあるので見やすい。DropboxやTortoiseSVNを使ってる場合にはアイコン個数上限を使いきってしまうのでレジストリエディタで編集。詳しくはオーバーレイアイコンで検索。